Soyanın yetiştirilmesi sırasında bir çok hastalık ve zararlı organizma ile karşılaşılır. Bu zararlılar arasında nematodlar, mildiyö ve virüsler önemli zararlar verebilir. Ayrıca, beyaz sinekler, kırmızı örümcekler, yeşil kurtlar, ve pamuk çizgili yaprak kurtları gibi zararlılar da soya bitkisine zarar verebilir. Türkiye’de, özellikle Ege Bölgesi’nde kırmızı örümcek zararı sıkça görülmektedir. Zararlıların kontrolü için etkili bir yöntem ilaçlamadır. Örneğin, kırmızı örümceklerin kontrolü için ilaçlama yapılması, bir yaprakta 10 adet kırmızı örümcek tespit edildiğinde önerilir. Bu şekilde, zararlıların neden olabileceği potansiyel hasarlar önceden engellenebilir ve soya bitkisinin sağlıklı büyümesi ve verimli bir şekilde gelişmesi sağlanabilir.