Эта система объединяет три основных элемента: рыб, бактерии и растения. Этот процесс начинается с питательных веществ, даваемых рыбам. После того как рыбы переваривают эти питательные вещества, они выделяют свои экскременты в воду. Более половины отходов рыб обычно находится в форме аммиака. Однако, если аммиак накапливается в воде, он может быть вреден для растений и рыб. Поэтому вода, богатая аммиаком, должна быть обезврежена перед подачей растениям. Сточные воды от рыб перемещаются из аквариума в биологический фильтр. Этот фильтр содержит нитрифицирующие бактерии, которые могут жить естественным путем. Эти бактерии очищают воду, превращая аммиак сначала в нитриты, а затем в нитраты, которые могут быть использованы растениями. Естественная очистка от вредных веществ, таких как аммиак и нитриты, помогает аквапонической системе поддерживать баланс экосистемы. Таким образом, это обеспечивает как здоровье рыб, так и питание растений. Кроме того, это предлагает устойчивый метод ведения сельского хозяйства, обеспечивая такие преимущества, как экономия воды и энергоэффективность.