Bu sistem balıqları, bakteriyaları və bitkiləri ehtiva edən üç əsas ünsürü bir araya gətirir. Bu proses balıqlara verilən qida maddələri ilə başlayır. Balıqlar bu qida maddələrini həzm etdikdən sonra suya öz ifrazatlarını buraxırlar. Balıq tullantılarının yarısından çoxu adətən ammonyak formasındadır. Lakin ammonyak suyun içində yığılarsa, bitkilər və balıqlar üçün zərərli ola bilər. Bu səbəbdən, ammonyakla zəngin su bitkilərə tətbiq edilməzdən əvvəl zərərsiz hala gətirilməlidir. Balıqların tullantı suyu balıq çənindən bioloji filtrə doğru hərəkət edir. Bu filtr daxilində olan və təbii olaraq yaşaya bilən nitrifikasiya bakteriyalarını ehtiva edir. Bu bakteriyalar ammonyakı əvvəlcə nitritə, daha sonra isə bitkilər tərəfindən istifadə edilə bilən nitrata çevrərək suyu təmizləyirlər. Ammonyak və nitrit kimi zərərli maddələrin təbii yolla təmizlənməsi akvaponik sistemin ekosistem balansını qorumasına kömək edir. Beləliklə, həm balıqların sağlamlığını, həm də bitkilərin qidalanmasını təmin edir. Bundan əlavə, suya qənaət və enerji səmərəliliyi kimi üstünlükləri təmin edərək dayanıqlı bir kənd təsərrüfatı metodu təqdim edir.