Este sistema reúne tres elementos básicos que incluyen peces, bacterias y plantas. Este proceso comienza con los nutrientes suministrados a los peces. Después de que los peces digieren estos nutrientes, liberan sus excrementos al agua. Más de la mitad de los desechos de los peces suelen estar en forma de amoníaco. Sin embargo, si el amoníaco se acumula en el agua, puede ser perjudicial para las plantas y los peces. Por esta razón, el agua rica en amoníaco debe volverse inofensiva antes de aplicarse a las plantas. El agua residual de los peces se mueve desde el tanque de peces hacia un filtro biológico. Este filtro contiene bacterias nitrificantes que pueden vivir de forma natural en su interior. Estas bacterias limpian el agua convirtiendo el amoníaco primero en nitrito y luego en nitrato, que puede ser utilizado por las plantas. La limpieza natural de sustancias nocivas como el amoníaco y el nitrito ayuda al sistema acuapónico a mantener el equilibrio del ecosistema. Por lo tanto, garantiza tanto la salud de los peces como la nutrición de las plantas. Además, ofrece un método agrícola sostenible al aportar ventajas como el ahorro de agua y la eficiencia energética.