Dieses System bringt drei grundlegende Elemente zusammen, die Fische, Bakterien und Pflanzen umfassen. Dieser Prozess beginnt mit den Nährstoffen, die den Fischen gegeben werden. Nachdem die Fische diese Nährstoffe verdaut haben, hinterlassen sie ihre Exkremente im Wasser. Mehr als die Hälfte der Fischabfälle liegt in der Regel in Form von Ammoniak vor. Wenn sich Ammoniak jedoch im Wasser ansammelt, kann dies für Pflanzen und Fische schädlich sein. Daher muss das ammoniakreiche Wasser unschädlich gemacht werden, bevor es den Pflanzen zugeführt wird. Das Abwasser der Fische bewegt sich vom Fischtank zu einem biologischen Filter. Dieser Filter enthält Nitrifikationsbakterien, die darin vorkommen und natürlich überleben können. Diese Bakterien reinigen das Wasser, indem sie Ammoniak zuerst in Nitrit und dann in Nitrat umwandeln, das von den Pflanzen verwendet werden kann. Die natürliche Reinigung von Schadstoffen wie Ammoniak und Nitrit hilft dem Aquaponik-System, das Gleichgewicht des Ökosystems zu bewahren. Folglich gewährleistet es sowohl die Gesundheit der Fische als auch die Ernährung der Pflanzen. Zudem bietet es eine nachhaltige Landwirtschaftsmethode, indem es Vorteile wie Wassereinsparung und Energieeffizienz mit sich bringt.